经济成本过高
加强生态补偿制度意味着需要投入大量资金用于对环境损害的赔偿和恢复工作。对于企业来说，这样的经济负担可能会导致其经营成本上升，影响竞争力，从而可能引发一系列连锁反应，如就业减少、产品价格上涨等。
行政监管难度增加
制定和实施生态补偿制度需要建立完善的法律法规体系，并配备足够的人力资源进行监管。这将使政府部门面临更大的挑战，尤其是在资源有限的情况下，如何有效地执行这些规定是一个问题。
激励机制不成熟
生态补偿制度的设计要考虑到正确的激励机制，即通过合理的经济手段来鼓励企业采取环保措施，而不是简单地依赖罚款或其他惩罚性措施。然而，一些国家和地区目前尚未形成适宜于促进绿色发展的政策体系。
公众参与度不足
为了确保生态补偿制度能够真正发挥作用，需要广泛征集公众意见并提升他们对环境保护工作的认知程度。但是，由于缺乏足够的心理预期和实际行动支持，大多数公众往往缺乏积极参与这一过程的情愿性。
市场需求与现实差距巨大
在一些特定的行业中，如煤炭开采、钢铁生产等，对环境污染造成了严重破坏，但这些行业通常也是提供就业机会最多、税收贡献最大的一类。在推动这些行业向绿色转型时，要平衡好产业结构调整带来的社会代价与长远可持续发展目标之间的问题。
国际合作面临挑战
在全球范围内，加强生态补偰系统还涉及到跨国界的问题，比如污染物排放无边界效应，以及不同国家在环境保护方面存在不同的发展水平和意识。而且，在国际合作中寻求共同标准和共识也是一项艰巨任务。
