自新冠肺炎疫情防控以来，湖南省生态环境监测系统紧密落实省委省政府关于防控新型冠状病毒感染的肺炎疫情和厅党组决策，全力以赴做好疫情防控与应急监测相结合的工作。为了确保生态环境应急监测能够顺利进行，湖南省在接收到生态环境部下发的开展生态环境应急监测任务后，立即印发了《关于做好应对新型冠状病感染肺炎疫情生态环境应急监测工作的通知》，制定了《湖南省应对新型冠状病毒感染肺炎疫情应急监测方案》并提出《加强疫情期间环境质量监测自动站运维保障》的要求。此外，还多次发布了相关通知，如《关于进一步做好疫情期间生态环境监测工作的通知》和《关于做好新型冠状病毒感染的肺炎疫情医疗污水和城镇污水监管工作的通知》，为市县饮用水水源地、农村千吨万人饮用水水源地、污染企业等提供了更详细、更完善的地理技术要求。
为了解决因交通管制等原因导致自动化站点运维受阻及现场采样困难的问题，该省成立了一系列微信群，以便于集中调度每日14个市州上的监督保障工作，并协助第三方机构解决实际问题。同时，该省主动与教育部门沟通解决高校内国控大气站点进门困难；与公安厅总队合作办理车辆绿色通行证；通过向领导小组申请防护物资，为各项应急行动提供支持。
经过半个月不懈努力，180多个国家重点大气观測站以及400多个国家重点地表水和饮用水手工断面已按计划有序进行，其余82个国家重点地表水自动站运行正常。同时，由省级中心及驻市州中心组建现场应急队伍，对负责人、值班人员及其准备情况进行明确，加强预案编制，使得随时都能进入现场开展必要之事。
