基础设施落后
农村地区的基础设施普遍落后，包括污水收集、运输和处理系统。许多乡镇甚至村庄都缺乏完善的污水排放管网，这导致居民生活产生的废水直接排入河流或田地中，严重破坏了环境平衡。在一些偏远地区，居民还必须依赖自建的小型池塘或沟渠来暂存废水，但这些措施往往无法有效处理大量的垃圾和病原体。
技术应用不足
在技术层面上，农村地区普遍缺乏先进的污水处理设备。这使得当地只能采取简单的手工方法，如沉淀或者自然降解等，这些方法效率低下，并且不能彻底去除病毒和细菌，对环境造成长期损害。此外，由于资金有限，大多数农村社区无法投资购买高效能的工业级净化设备，因此不得不依靠政府补贴或者外部援助来改善现状。
管理与监督不规范
在管理层面上，许多农村地区缺乏有效的监管体系，使得污染问题难以得到及时解决。地方政府人员经常因为资源紧张而忽视对农业废弃物和生活垃圾进行合理处置的问题，从而导致土壤和地下水受到进一步侵蚀。此外，一些企业为了节省成本，将工业废料随意倾倒到河流中，以此减少生产成本，但这也加剧了环境恶化。
环境意识薄弱
由于教育资源匮乏以及传统观念影响，大多数农民对于保护环境并不够重视，他们习惯将生活垃圾随意丢弃，最终成为城市回收站所无法接纳的一部分。这种行为不仅增加了城市垃圾填埋场压力，也是造成卫生危机的一个重要原因。而且，由于信息闭塞，不了解现代环保知识，更没有意识到他们日常活动可能对周围生态系统产生怎样的影响。
政策执行滞后
尽管国家出台了一系列政策旨在推动农业面源污染治理，但是实际执行效果仍然存在差距。例如，对于农业投入品使用标准、粪便堆肥管理规范等方面，有关部门制定的指导意见并未被全力推行至基层。在实施过程中，还存在财政支持不足、技术培训不足以及宣传教育不到位等一系列问题，加剧了整体治理效果上的困境。
