缺乏资金支持：农村地区经济基础薄弱，缺乏足够的资金投入到污水处理设施建设和维护上。传统的集镇式或集中式污水处理系统由于投资巨大，难以得到有效的政府补助或社会资本参与。
技术落后：部分农村地区仍然使用传统化石燃料驱动的污水处理技术，这些技术效率低下，对环境影响大，并且难以实现自动化、智能化管理。随着科技发展，需要引进更先进、节能环保的污水处理设备和技术。
管网建设不足：农村地区管网覆盖不均匀，一些偏远地区甚至没有完善的排放管网，使得生活垃圾和工业废弃物直接排放到自然环境中。这种现象不仅对当地居民健康构成威胁，也严重破坏了生态平衡。
污染治理意识淡薄：部分农民对于个人卫生习惯以及对周围环境保护缺乏足够认识，因此在日常生活中存在大量未经处理的人类排泄物直接倒放在地面或者沟渠中，这种行为导致了疾病蔓延和土壤及地下水资源受到严重污染。
政策执行力度不足：虽然国家出台了一系列关于农业面源污染控制和乡村环境整治政策，但在实施过程中遇到了很多困难，比如地方政府行政能力有限、监管力量薄弱，以及公众参与度不足等问题，都制约了政策效果的一般提升。
