一、资源短缺与技术落后
农村地区由于人口密度较低，资金和技术支持相对不足。传统的生活污水处理手段如简易池塘和坑塘等在处理效率上存在明显局限性，且难以满足现代化生活标准。这些方法往往无法有效去除病原体、细菌和其他有害物质，对环境质量造成严重影响。此外，由于缺乏专业知识和设备，不少农户选择了自行倾倒或未经处理就排放到河流湖泊中，这些行为进一步加剧了生态环境问题。
二、基础设施建设滞后
在许多偏远乡镇，公共卫生设施仍然落后于城市标准。厕所普及率低，大多数家庭还处于使用露天便器或无门厕所阶段，这不仅影响了居民的健康，也是生活污水治理的一个主要障碍。当雨季来临时，无门厕所更容易成为洪水泛滥的源头，对周边居民造成直接威胁。此外，现有的下水道系统也常常因设计不合理而导致排泄物直入河流，从根本上解决不了污染问题。
三、意识教育缺失
大多数农民对于环保意识淡薄，他们认为生活污水处理是一项昂贵且复杂的事情，因此习惯了将其视为次要事务。在一些地区，即使政府提供免费的垃圾填埋袋或者废旧衣物回收箱，也因为信息传播不畅而没有得到广泛响应。这也是为什么推进农村生活污水治理存在的问题之一，因为当地社区没有形成良好的垃圾分类管理习惯。
四、政策执行力度不足
虽然国家层面已经出台了一系列关于农业非点源污染控制的大型项目，但在实施过程中遇到的困难颇多。首先，一些地方政府财政有限，没有足够预算投入到这方面；其次，由于监管力量有限，在实际操作中很难做到全面的覆盖；再者，还有一些地方官员可能因为利益关系而阻碍项目实施，使得整体效果受到限制。
五、高成本与维护难题
安装高效能的人类粪便处理设备需要一定金额，而且长期运行需要稳定的能源供应。而很多小型乡镇由于经济条件有限，只能购买价格稍微便宜一些但功能有限的小型机器。在这些设备频繁出现故障或者需要更换部件时，又会给予家家户户带来额外负担。此外，由于维护人员分布稀疏，当机器出现问题时修复速度缓慢，加剧了用户满意度低下的情况。
六、新技术应用挑战
随着科技发展，如生物气化堆肥技术等新兴环保产品逐渐进入市场，它们能够通过微生物分解产生清洁能源，同时还可以作为肥料，为农业增值。但这些新技术在农村普及起来面临着巨大的挑战。一方面是成本高昂，另一方面是许多老百姓对于这种新方式还是持怀疑态度，不愿意尝试改变已久之习惯。因此，要推广这一类环保产品必须进行大量宣传教育工作，并提供可靠服务保障，以提高公众信任感。
