它源自秘鲁的安第斯山脉，那里的泉水和瀑布汇聚成小溪，最终形成了庞大的河流。亚马孙河经过一系列湖泊，其水量逐渐增大，最终成为众多支流的主干——马拉尼翁河。在与乌卡亚利河相遇后，它才被称为亚马松河。
当内格罗河加入时，由于其含有大量微生物，使得水呈现出深绿色的颜色，而亚马松河则带来泥沙，使其呈现黄白色。这两股不同颜色的水在下游几千公里后才会逐渐融合成为一体。
此外，亚马松河流经高温多雨的热带地区，每年降雨量超过2500毫米，加上周围地形倾斜，这使得集水面积广阔，每秒钟可以注入海洋12至22万立方米的水量，全年总流量可达3.8到4.7亿立方千米，这占全球所有江川入海流量的一半左右。
从内格罗与之汇合的地方起，亚马松 河宽度变得显著，有时达到3000米以上。而在下游部分，可达5000至20000平方千米。此后，在三角洲区域，被分割成十余条独立的小道，并且江心岛屿极为发达。它的巨大的喇叭形口岸最宽处可达80公里，深度百余米，如同航行于汪洋大海中。此时，有时候潮汐呼啸而上，可以溯至1,300公里远，从而形成5米高以上的波涛般景象。
这也导致了频繁泛滥，对沿岸平原造成影响。当潮汐阻挡着退去，使得海潮冲击声如“奴”（Nagu）在印第安语中描述，也许正是由此命名为“南美洲奴”。
此外，沿着这条伟大的江流，是世界上最广阔、最原始热带雨林之一，其中包含2,000多种鱼类，以及丰富动植物资源。在这里，大部分地区仍然保持着自然状态，只有农业用地占据了整个土地面积中的百分之一点五。这座城市主要依靠船只作为居住和交通工具，即便是商店或学校也设在船上。几乎所有支流都可以通航，全长约25,000公里，可以连续开启轮船直至秘鲁伊基托斯附近的大西洋边缘及安第斯山脉东侧。
