生态补偿制度的设计与实施困难
在生态补偿制度的设计过程中，需要考虑到多方面因素，包括经济效益、社会影响和环境保护等。如何平衡这些因素，并确保补偿措施能够有效地保护生态系统，这是一个非常复杂的问题。例如，在某些地区可能存在资源过度开发的情况，如果不加以限制，那么即使有了生态补偿，也很难保证其效果。
对象选择标准缺乏明确性
在实施生态补偿时，对于哪些项目或活动需要进行生态补偿，以及评估标准是什么，这一点往往缺乏明确的规定。这导致了监管部门在执行时出现混乱，一些关键项目可能被忽视，而一些不必要的项目却获得了资金支持，从而降低了整个体系的效率和效果。
责任归属问题突出
在进行生eco护理时，责任归属往往成为一个棘手的问题。通常情况下，由于利益关系复杂，不少企业和个人会寻求避免责任，他们可能会采取各种手段来逃避支付或者减少支付额度，这直接影响到了生态保护工作的开展。
监督机制不足造成信任危机
为了保证资金使用得当且真正用于环境保护，有着完善的监督机制是必不可少的。但现实中许多地方监管力量薄弱，没有足够强有力的监督机构来检查资金使用情况。这就容易引发公众对于政府诚信度和制度透明性的质疑，从而形成信任危机。
社会参与程度有限
虽然政府和企业都承担着一定程度上的环保责任，但如果没有广泛社会参与，那么环境保护工作将面临巨大的挑战。当前，大多数环保活动依然集中在政府机构和大型企业之间，其它民间组织、居民群体以及小微企业等对此并不积极参与，因此推动社会各界共同投入到环保行动中的迫切性日益增加。
经济成本高企限制扩展
尽管国家越来越重视环境问题并开始采取相应措施，但实际上由于经济发展仍然是首要任务，所以许多地方对于提高生产力水平更加看重。如果要求所有行业都必须进行高额的绿色转型，不但经济成本较高，而且还会给予很多小规模生产者带来压力，使得他们无法持续经营，最终导致更多的小微企业倒闭，加剧就业状况恶化。
